dalam pertanian organik peningkatan kesuburan tanah dilakukan tanpa menggunakan pupuk kimia sintesis. sebagai gantinya digunakan teknik rotasi tanaman secara tepat, mixed cropping dan integrasi tanaman dengan ternak. meningkatkan populasi mikroorganisme tanah melalui penggunaan pupuk organik.
mengelola kesuburan tanah pada sistem pertanian organik memerlukan pendekatan yang berbeda dengan sistem pertanian konvensional. unsur hara dalam pupuk sintetik mempunyai kelarutan tinggi sehingga ketersediaan unsur hara cukup dapat diprediksi dan unsur hara cepat tersedia bagi tanaman.
pupuk organik dapat meningkatkan struktur tanah dalam arti komposisi partikel yang berada dalam tanah lebih stabil dan cenderung meningkat karena struktur tanah sangat berperan dalam pergerakan air dan partikel udara dalam tanah, aktifitas mikroorganisme menguntungkan, pertumbuhan akar, dan kecambah biji.