Ketika kita menambahkan alkohol maka akan menghilangkan pewarna utama (kristal violet) pada dinding sel bakteri gram negatif karena dinding sel bakteri gram negatif lebih tebal sehingga kristal violet tidak bisa menembus dinding selnya hanya bisa menembus lapisan luarnya saja. Sehingga ketika kita tambahkan safranin baru bisa menembus dinding selnya dan warnanya akan menjadi merah. Warna kristal violet pada bakteri gram positif tidak bisa luntur karena kristal violet sudah menembus dinding sel dan memenuhi seluruh bagian sel. sehingga kita bisa membedakan mana bakteri gram positif dan mana bakteri gram negatif