Potensi resiko dan tantangan yang dihadapi dalam implementasi bioteknologi ini, terutama dalam hal etika, keamanan pangan, dan dampaknya pada petani lokal sebagai berikut.
Potensi resiko dalam hal etika yaitu tentang kekhawatiran agama ataupun budaya karena khawatir tentang tidak adanya pelabelan pada makanan rekayasa genetik, seperti label halal untuk dikonsumsi orang yang beragama Islam. Tantangan yang dihadapi yaitu produk dari misalnya rekayasa genetik dalam bidang bioteknologi harus bisa mempunyai pelabelan pada makanan sehingga dapat dikonsumsi oleh semua orang.
Potensi resiko dalam hal keamanan pangan yaitu potensi racun dalam makanan hasil rekayasa genetik sehingga dapat menimbulkan efek alergi bagi yang mengonsumsinya. Selain itu kualitas dari gizi makanan yang dihasilkan berubah. Tantangan yang dihadapi yaitu harus menggunakan bahan dari rekayasa genetik yang tidak menimbulkan racun apabila dikonsumsi oleh manusia.
Potensi resiko dan tantangan yang dihadapi bagi petani lokal yaitu masalah lingkungan, keterbatasan akses terhadap benih dengan adanya paten dari tanaman hasil rekayasa genetik, dan ancaman terhadap keragaman genetik tanaman yang dihasilkan.