Etika Lingkungan. Teknologi menimbulkan masalah lingkungan ketika ada paparan lingkungan yang menimbulkan risiko bagi manusia, satwa liar, atau integritas ekosistem. Diperkirakan bahwa bioteknologi pertanian dapat menimbulkan risiko bagi satwa liar di dalam atau di dekat lahan pertanian. Ada juga masalah yang terkait dengan pertanyaan apakah ekosistem pertanian ekologi itu sendiri dapat menunjukkan ciri-ciri integritas.
Keamanan Pangan. Banyak isu yang terkait dengan keamanan mengonsumsi makanan hasil rekayasa hayati bersifat teknis, tetapi pertanyaan tentang apakah regulator harus mengambil keputusan ini berdasarkan penilaian risiko, atau apakah konsumen individu harus ditempatkan pada posisi untuk membuat pilihan sendiri merupakan pertanyaan etis.
Status Moral Hewan. Jika rekayasa genetika pada ternak akan membahayakan kesejahteraan hewan, ada pertanyaan etika yang dapat dihilangkan. Ada juga pertanyaan etika tentang apakah etis menggunakan bioteknologi untuk membuat hewan lebih toleran terhadap lingkungan produksi yang saat ini dianggap merugikan kesejahteraan hewan.
Dampak pada Komunitas Pertanian. Beberapa pakar bioteknologi pertanian menduga hal itu akan menyebabkan kebangkrutan pertanian dan menipisnya populasi pertanian di komunitas pedesaan. Telah terjadi etika yang berlangsung lama mengenai apakah teknologi atau kebijakan yang memiliki dampak pada komunitas pertanian dapat diterima secara etika berdasarkan manfaat yang menyeimbangkan dalam bentuk produksi yang efisien dan harga pangan yang lebih rendah. Kekhawatiran tersebut khususnya relevan dengan dampak bioteknologi di wilayah berkembang di mana banyak petani bertani pada tingkat subsisten.