1. Etika: Salah satu isu etika utama adalah penggunaan organisme hasil rekayasa genetika (GMO). Kekhawatiran muncul terkait dengan hak konsumen untuk mengetahui apakah makanan yang mereka konsumsi berasal dari GMO, serta potensi dampak pada biodiversitas. Beberapa kelompok berpendapat bahwa manipulasi genetik pada tanaman dan hewan melanggar prinsip-prinsip alamiah. Oleh karena itu, regulasi yang ketat terkait transparansi dan pemberian label pada produk GMO sangat penting untuk menjawab kekhawatiran etika ini.
2. Keamanan Pangan: Meski bioteknologi dapat menghasilkan tanaman yang lebih tahan terhadap hama dan penyakit, risiko kesehatan jangka panjang akibat konsumsi produk GMO masih menjadi perdebatan. Sebagian penelitian menyatakan bahwa produk GMO aman, namun beberapa pihak khawatir akan potensi dampak kesehatan yang mungkin belum terdeteksi secara jangka panjang. Perlu lebih banyak penelitian independen dan transparan untuk meyakinkan publik akan keamanannya .
3. Dampak pada Petani Lokal: Penggunaan benih hasil rekayasa genetika, yang seringkali dimonopoli oleh perusahaan besar, bisa menimbulkan tantangan bagi petani kecil. Benih tersebut biasanya dilindungi hak paten, yang memaksa petani membeli benih setiap musim tanam. Ini menambah beban finansial bagi petani lokal, yang mungkin tidak memiliki daya beli untuk berkompetisi dengan petani besar. Selain itu, ketergantungan pada perusahaan penyedia benih dapat mengurangi kemandirian petani lokal dan mempengaruhi ketahanan pangan mereka .