1. Tantangan Etika
Penerapan bioteknologi, seperti tanaman hasil rekayasa genetika (genetically modified organisms/GMOs), menimbulkan perdebatan etis. Beberapa kelompok khawatir bahwa modifikasi genetika dapat melanggar hak-hak alami organisme atau menciptakan ekosistem yang tidak alami. Selain itu, terdapat kekhawatiran bahwa kontrol atas teknologi ini lebih banyak dikuasai oleh perusahaan multinasional, yang dapat meminggirkan petani kecil dan membatasi akses mereka pada sumber daya vital.
2. Keamanan Pangan
Keamanan pangan merupakan salah satu perhatian utama dalam implementasi bioteknologi. Penggunaan bioteknologi dapat meningkatkan produktivitas dan nilai gizi tanaman, tetapi risiko yang mungkin muncul adalah potensi alergen baru, resistensi terhadap antibiotik, atau pengaruh negatif pada biodiversitas jika tidak diawasi dengan baik.
3. Dampak Terhadap Petani Lokal
Salah satu tantangan terbesar dalam penerapan bioteknologi pangan adalah dampaknya terhadap petani kecil dan lokal. Penggunaan tanaman hasil rekayasa genetika sering kali memerlukan investasi besar, baik dalam bentuk bibit, pupuk, maupun teknologi pendukung lainnya, yang mungkin sulit diakses oleh petani skala kecil. Selain itu, adanya monopoli perusahaan yang memproduksi bibit GMO bisa mengurangi kemandirian petani lokal, karena mereka harus membeli bibit baru setiap tahun dan tidak bisa menanam kembali bibit hasil panen mereka.