Dalam hal etika:
Timbul Kekhawatiran adanya aliran gen dari tanaman transgenik ke tanaman gulma dan tanaman lainnya yang dapat menyebabkan tanaman gulma lebih sulit dikendalikan dari sebelumnya yang nantinya berdampak pada kerusakan lingkungan. Banyak yang berpendapat bahwa modifikasi genetika melanggar integritas alamiah organisme. Modifikasi genetik pada tanaman suatu saat dapat mengubah ekosistem secara tidak terduga, sehingga menimbulkan kerusakan ekosistem. Selain itu, ada juga pertanyaan mengenai hak atas pengetahuan tradisional dan bagaimana teknologi ini dapat mempengaruhi petani kecil yang bergantung pada varietas lokal. Beberapa perusahaan besar memiliki hak paten atas benih transgenik, yang dapat memunculkan masalah etis terkait hak atas kekayaan intelektual. Perusahaan-perusahaan ini dapat mengendalikan akses petani terhadap benih, dan menempatkan mereka dalam ketergantungan pada teknologi tertentu.
Dalam keamanan pangan:
Tanaman transgenik yang diintroduksi dengan antibiotik Kanamicyn R (Kan R) bila dikonsumsi manusia disinyalir dapat mengakibatkan resistensi bakteri dalam tubuh akibat pemaparan dengan antibiotik secara kontinu (Karmana, 2009). Akibatnya, penggunaan antibiotik untuk menyembuhkan penyakit menjadi tidak ampuh lagi . Selain itu, tanaman hasil rekayasa genetika juga diduga bersifat karsinogenik atau berpotensi menyebabkan kanker, serta minim gizi karena kandungannya telah dimodifikasi sedemikian rupa sehingga menghilangkan beberapa kandungan alami produk hasil olahannya. Walaupun belum ada bukti ilmiah yang pasti bahwa tanaman transgenik berbahaya bagi kesehatan, sebagian masyarakat masih khawatir tentang kemungkinan munculnya alergen atau dampak jangka panjang lain yang belum diketahui.
Sumber: Mochammad Irfan Soleh, S. Si PMHP Ahli Muda (Fungsional Balai Pengujian Mutu Produk Tanaman-Ditjen Tanaman Pangan) https://tanamanpangan.pertanian.go.id/detil-konten/iptek/14
Dampak bagi petani local:
Banyak petani lokal mungkin tidak memiliki akses atau dana yang cukup untuk membeli benih transgenik yang mahal. Selain itu, karena benih ini sering kali dipatenkan, petani harus membeli benih baru setiap musim, yang meningkatkan biaya produksi. Hal ini dapat menyebabkan ketergantungan pada perusahaan multinasional yang mengontrol teknologi tersebut. Selain itu, Penggunaan benih transgenik yang seragam dapat menyebabkan penurunan keanekaragaman hayati. Ini bisa menjadi masalah besar bagi petani kecil yang mengandalkan varietas tanaman lokal yang lebih cocok dengan kondisi lokal mereka dan lebih tahan terhadap perubahan iklim.