Mengembangkan potensi desa dengan pendekatan pemberdayaan masyarakat dan ekologi menghadapi beberapa kendala utama. Salah satunya adalah rendahnya kesadaran masyarakat tentang pentingnya menjaga lingkungan dan meningkatkan kapasitas mereka. Selain itu, banyak desa mengalami keterbatasan sumber daya, seperti kurangnya dana, teknologi, dan infrastruktur. Konflik antara kebutuhan ekonomi masyarakat dan pelestarian lingkungan juga sering terjadi, terutama jika masyarakat bergantung pada eksploitasi sumber daya alam. Kebijakan pemerintah yang belum sepenuhnya mendukung, kerusakan lingkungan akibat perubahan iklim, serta pola pikir masyarakat yang sulit menerima perubahan juga menjadi tantangan besar.
Untuk mengatasi kendala-kendala ini, diperlukan kerja sama antara berbagai pihak, termasuk masyarakat, pemerintah, LSM, dan sektor swasta. Edukasi untuk meningkatkan kesadaran masyarakat dan pelatihan keterampilan dapat mendorong kegiatan yang lebih ramah lingkungan. Dukungan berupa penyediaan dana, teknologi tepat guna, dan kebijakan yang sesuai juga sangat penting. Selain itu, melibatkan masyarakat dalam perencanaan program memastikan program tersebut sesuai dengan kebutuhan mereka. Dialog terbuka dan pendekatan kolaboratif dapat menyelesaikan konflik yang ada. Dengan sinergi ini, desa dapat berkembang lebih mandiri dan berkelanjutan
.