Tantangan Utama yang dihadapi dalam mengembangkan potensi desa berbasis pemberdayaan masyarakat dan ekologi diantaranya seperti :
- Kurangnya keterampilan dan pengetahuan bagi masyarakat desa, dampak dari rendahnya tingkat pendidikan dan kurangnya program sosialisasi dan pelatihan bagi masyarakat desa.
- Terbatasnya akses teknologi termasuk juga jaringan ataupun internet yang ada di desa sehingga berimbas pada terbatasnya informasi yang bisa didapatkan masyarakat desa dan dalam memunculkan ide dan inovasi, selain itu masih banyak masyarakat desa yang konservatif atau enggan untuk berkenalan ataupun menggunakan teknologi yang ada terutaa pada desa-desa yang tertinggal karena mereka mempertahankan nilai tradisional yang ada sehingga menganggap teknologi sebagai hal yang tabu.
- Keterbatasan infrastruktur yang ada di desa seperti aksebilitas masyarakat yang kurang memadai.
- Rendahnya partisipasi masyarakat pada program-program pengembangan sumber daya manusia.
- Karena kondisi geografis dan perubahan iklimyang ada pada desa.
- Ketimpangan pada pendistribusian sumber daya alam.
- Kurangnya pendanaan dan sarana-prasarana yang ada.
Cara mengatasi secara kolaboratif yang bisa dilakukan :
- Dengan program pelatihan dan pendidikan, bisa dilakukan secara kolaboratif antara masyarakat, pemerintah dan dengan memakai pihak ketiga seperti LSM.
- Pembangunan infrastruktur bagi masyarakat seperti pada aksebilitas, sarana-prasarana, teknologi, dan adanya pendanaan bagi masyarakat.
- Membuat komunitas atau program kreatif masyarakat yang didalamnya menampung ide atau aspirasi masyarakat, programnyapun harus terus berjalan seperti program berkelanjutan untuk pemberdayaan masyarakat desa terhadap pengembangan potensi wilayah desanya.