Mengembangkan potensi desa berbasis pemberdayaan masyarakat dan ekologi menghadapi sejumlah tantangan, seperti keterbatasan sumber daya manusia, finansial, teknologi, dan infrastruktur yang memadai. Minimnya kesadaran dan partisipasi masyarakat juga sering menjadi kendala, terutama jika pemahaman mereka terhadap pentingnya pemberdayaan berbasis ekologi masih rendah. Selain itu, konflik kepentingan antara pemerintah, masyarakat, pelaku usaha, dan LSM dapat menghambat kolaborasi, sementara ketergantungan pada bantuan eksternal sering kali membuat program kurang berkelanjutan. Desa juga menghadapi ancaman kerusakan lingkungan akibat eksploitasi sumber daya alam yang tidak terkendali, serta keterbatasan akses terhadap teknologi dan pelatihan untuk memanfaatkannya.
Untuk mengatasi tantangan ini secara kolaboratif, langkah pertama adalah melakukan pemetaan potensi dan masalah desa melalui kajian partisipatif yang melibatkan masyarakat, akademisi, dan pemerintah. Edukasi dan peningkatan kesadaran masyarakat tentang pentingnya pemberdayaan berbasis ekologi perlu dilakukan melalui pelatihan, lokakarya, dan diskusi kelompok. Kemitraan multipihak antara pemerintah, sektor swasta, LSM, dan akademisi dapat mendorong solusi yang terintegrasi dan sesuai kebutuhan lokal. Peningkatan kapasitas masyarakat menjadi prioritas, termasuk pelatihan pengelolaan sumber daya alam berkelanjutan, keterampilan teknis, dan kewirausahaan berbasis ekologi. Pembangunan infrastruktur ramah lingkungan dan diversifikasi ekonomi lokal, seperti pengembangan UMKM berbasis sumber daya lokal, juga perlu didorong. Teknologi tepat guna, seperti sistem pertanian berbasis agroforestri dan energi terbarukan, harus diperkenalkan untuk meningkatkan efisiensi dan keberlanjutan. Penting pula untuk melibatkan masyarakat dalam setiap tahap perencanaan dan implementasi program guna membangun rasa memiliki, serta membentuk kelompok kerja untuk melakukan pengawasan dan evaluasi secara kolaboratif. Dengan pendekatan yang inklusif dan berbasis kearifan lokal, desa dapat berkembang secara berkelanjutan sambil menjaga keseimbangan ekologi.