Tantangan utama dalam mengembangkan potensi desa berbasis pemberdayaan masyarakat dan ekologi adalah kurangnya kesadaran dan pengetahuan masyarakat tentang pentingnya pemberdayaan dan keberlanjutan lingkungan.
Banyak masyarakat desa yang belum sepenuhnya memahami bahwa upaya pemberdayaan dapat meningkatkan kesejahteraan mereka, sementara keberlanjutan ekologi adalah kunci untuk menjaga sumber daya alam yang menjadi andalan desa. Rendahnya pemahaman ini seringkali menyebabkan kegiatan yang merusak lingkungan, seperti eksploitasi sumber daya alam secara berlebihan atau praktik yang tidak ramah lingkungan. Untuk mengatasi tantangan ini, diperlukan program pendidikan dan pelatihan yang dirancang khusus untuk meningkatkan kesadaran masyarakat. Program tersebut dapat mencakup sosialisasi tentang manfaat jangka panjang pemberdayaan dan keberlanjutan, pelatihan keterampilan ramah lingkungan, serta pendampingan dalam menerapkan praktik yang berkelanjutan.