Kebijakan mengenai produksi dan penggunaan biodiesel di Indonesia memiliki beberapa sisi positif dan negatif. Dilihat dari sisi positifnya, seperti: Mendorong adanya penggunaan energi terbarukan, meningkatkan nilai tambah hasil pertanian seperti pada kelapa sawit dan jarak pagar, mengurangi emisi gas rumag kaca, serta menciptakan lapangan kerja. Sedangkan dilihat dari sisi negatifnya bisa berdampak pada lingkungan seperti deforestasi, polusi air, serta hilangnya keanekaragaman hayati. Selain itu juga akan menyebabkan ketergantungan pada komoditas tertentu yang dapat berdampak pada harga dan ketersediaan.
Ada beberapa potensi bahan baku alternatif lainnya selain minyak kelapa sawit yang bisa digunakan untuk memproduksi biodiesel, seperti: minyak jarak pagar, minyak kelapa, minyak kedelai, mintak bunga matahari, serta minyak algae. Alasannya adalah karena Indonesia memiliki keanekaragaman hayati yang tinggi sehingga potensi untuk menghasilkan biodiesel sangat besar, mengupayakan pengurangan ketergantungan pada satu komoditas, serta beberapa bahan alternatif memiliki dampak lingkungan yang lebih rendah dibandingkan dengan dampak dari bahan minyak kelapa sawit.