Jadi dengan diganti nya pemerintahan Hindia Belanda dengan sistem pemerintahan militer, Jepang membagi 3 wilayah Indonesia dibawah komando militer angkatan darat dan laut Jepang yaitu :
1. Jawa dan Madura
2. Sumatera
3. Kalimantan, Sulawesi, dan wilayah timur
Jepang melakukan eksploitasi yang memanfaatkan sumber daya manusia dan alam dengan propaganda dan pengendalian informasi bahwa kenyataannya Jepang sangat represif terhadap perlawanan dan menggunakan kekerasan untuk menekan rakyat.
Selama pendudukan Jepang, rakyat Indonesia melakukan berbagai perlawanan, baik bersenjata seperti pemberontakan PETA di Blitar yang dipimpin Supriyadi, maupun secara kultural dan politik melalui tokoh seperti Sukarno, Hatta, dan Ki Hadjar Dewantara. Selain itu, kebijakan Jepang yang membentuk organisasi militer seperti PETA dan Heiho memberikan pelatihan militer kepada rakyat, yang kemudian menjadi bekal penting dalam perjuangan kemerdekaan. Dari Kebijakan tersebut timbul dampak yang terasa hingga saat ini seperti kedisiplinan dan struktur militer yang dapat membangkitkan kesadaran nasional dan mempersiapkan rakyat untuk menyongsong kemerdekaan, meskipun dilakukan di bawah tekanan penjajahan.