Kendalam dalam melakukan pemetaan sosial dapat dibagi menjadi dua kelompok yaitu kendala yang berasal dari praktisi yang melakukan pemetaan dan klien atau masyarakat yang menjadi sasaran pemetaan.
Kendala dari praktisi yaitu lokasi sasaran yang susah dijangkau oleh praktisi,keanekaragam budaya seperti bhasa yang terkadang membuat praktisi sedikit sulit berkomunikasi dengan sasaran,transportasi menuju kelokasi sasaran,dan jaringan yang mendukung untuk proses menginput pemetaan masalah.
kendala dari klien atau masyarakat yang menjadi sasaran yaitu masyarakat yang tertutup artinya tidak mau menerima atau berinteraksi dengan orang asing,merasa tidak memerlukan bantuan pemetaan sosial,ketidaktahuan dalam mengidentifikasi permasalahan yang sedang mereka hadapi.
Kendala dari praktisi yaitu lokasi sasaran yang susah dijangkau oleh praktisi,keanekaragam budaya seperti bhasa yang terkadang membuat praktisi sedikit sulit berkomunikasi dengan sasaran,transportasi menuju kelokasi sasaran,dan jaringan yang mendukung untuk proses menginput pemetaan masalah.
kendala dari klien atau masyarakat yang menjadi sasaran yaitu masyarakat yang tertutup artinya tidak mau menerima atau berinteraksi dengan orang asing,merasa tidak memerlukan bantuan pemetaan sosial,ketidaktahuan dalam mengidentifikasi permasalahan yang sedang mereka hadapi.