Seperti yang sudah tertera di atas, pengelolaan dana desa tidak selalu berjalan lancar karena setiap proses pasti ada masalah dalam beberapa waktu.
Contoh nya seperti korupsi dan penyalahgunaan kekuasaan, dana yang seharusnya di alokasikan untuk desa sepenuhnya justru tidak tersampaikan semua, terkadang dikatakan kurang biaya padahal dana yang ada tidak di pergunakan semestinya.
Tentu hal seperti ini tidak asing bagi masyarakat, sangat berpengaruh seperti tidak percaya atas bantuan program untuk desa.
Kurangnya tenaga yang ahli dan profesional dalam hal pembangunan desa juga bisa menjadi pengaruh kurangnya efektivitas sebuah proyek, serta keterlibatan masyarakat yang kurang dan tidak dilibatkan secara langsung sebagai pengawas proyek atau lainnya. Karena harusnya antara penyelenggara dan masyarakat saling berkeja sama dan jujur untuk menjalankan proyek lebih terkendali.