Perubahan paling terasa dalam sejarah perkembangan desa di Indonesia adalah masuknya sistem pemerintahan modern. Sistem pemerintahan modern membawa perubahan dalam karakteristik budaya desa, dari yang mengedepankan komunalisme menjadi individualistik.
Selain itu, beberapa perubahan lain yang terjadi dalam perkembangan desa di Indonesia adalah: Pengenalan infrastruktur baru, Akses terhadap pendidikan modern, Pemilihan kepala desa secara terbuka oleh masyarakat desa.
Tantangan yang dihadapi dalam pemerintahan desa saat ini di antaranya: Keterbatasan sumber daya manusia, Kurangnya pemahaman tentang regulasi di tingkat desa, Korupsi.
Pemerintah perlu memberikan perhatian khusus kepada pembangunan desa agar masyarakat tidak perlu bermigrasi ke kota.