Hambatan dan tantangan terbesar bagi pemerintah desa dalam mengimplementasikan digitalisasi di level desa dapat diidentifikasi dari beberapa aspek, yaitu:
Infrastruktur Teknologi: Di banyak daerah pedesaan, akses ke internet stabil dan perangkat keras yang memadai (seperti komputer atau server) masih terbatas. Koneksi internet yang lambat atau bahkan tidak ada di beberapa daerah menjadi kendala utama dalam penerapan digitalisasi.
Kurangnya Sumber Daya Manusia yang Terampil: Banyak aparatur desa yang belum terbiasa atau terlatih menggunakan teknologi digital, baik karena usia, pendidikan, atau minimnya pelatihan. Dibutuhkan pelatihan intensif agar SDM di desa mampu mengoperasikan sistem digital dan memahami perangkat lunak yang digunakan.
Biaya dan Pendanaan: Digitalisasi membutuhkan dana untuk infrastruktur, pelatihan, serta pemeliharaan sistem. Keterbatasan anggaran desa seringkali menjadi hambatan karena prioritas anggaran desa lebih banyak dialokasikan untuk kebutuhan dasar lainnya.
Resistensi terhadap Perubahan: Masyarakat desa mungkin masih merasa nyaman dengan cara-cara tradisional. Selain itu, ada rasa ketidakpercayaan atau kekhawatiran terhadap sistem baru yang dianggap rumit dan tidak familiar.