Bioteknologi Konvensional : menggunakan mikroorganismesme secara utuh secara langsung tanpa proses rekayasa genetika contoh seperti pembuatan keju, yoghurt, dan kecap menggunakan mikroorganisme seperti Lactobacillus bulgaricus dan Aspergillus wentii dengan pembuatan produk menggunakan alat dan perlengkapan sederhana, memerlukan waktu yang relatif lama, dan biaya relatif murah.
Bioteknologi Modern : menggunakan mikroorganisme sebagian (DNA/enzim) secara tidak langsung melalui rekayasa genetika contoh seperti pengembangan tanaman transgenik, kloning, dan produksi vaksin menggunakan teknik rekombinasi DNA dengan pembuatan produk menggunakan alat dan perlengkapan modern/canggih, memerlukan waktu yang relatif cepat, dan biaya relatif mahal.
Pada proses pembuatan yoghurt di era modern merupakan contoh aplikasi bioteknologi modern karena penggunaan teknologi canggih untuk mengontrol suhu, waktu, dan kualitas fermentasi, dan skala produksi masal yang efisien dan terstandarisasi juga merupakan ciri khas bioteknologi modern.